Clădirea egumeniei și Sala Gotică

Clădirea egumeniei a fost construită pe la 1670 pe latura sudică a incintei, lipită de curtină și în apropiere de colțul sud-vestic. Aceasta este o construcție de inspirație bizantină, cu ziduri groase de până la 1,40 m și cu ornamentații (în special ancadramentele ușilor și ferestrelor) de inspirație gotică. Clădirea are numai un parter ridicat de la sol cu mai mult de 1 m și două rânduri de pivnițe boltite suprapuse, primul la nivelul terenului, iar al doilea în subteran.

În încăperile de la etaj se intră prin două pridvoare, unul mai mare (care dă într-o tindă) și unul mai mic (care dă în apartamentul de locuit), așezat în fața aripei stângi a clădirii. La etaj se află camerele egumeniei (stăreției) și Sala Gotică, cu rol de trapeză. Sub pridvorul mare se află o ușă care dă în pivnițele în care se păstrează vinul obținut din podgoriile mănăstirii. Din pridvorul mare se intră într-o tindă. De o parte și de alta a tindei se află mai multe încăperi.

Interes prezintă din punct de vedere arhitectural Sala Gotică "Anastasia Doamna", asemănătoare cu cea de la Mănăstirea Trei Ierarhi și care ocupă întreaga aripă dreaptă a clădirii (înspre est). Aici se intră din tindă printr-o ușă încadrată într-un chenar de piatră sculptat, cu profile întretăiate. Aceasta este o sală cu o lungime de aproape 16 m și o lățime de aproape 9 m, cu pardoseală din cărămizi hexagonale. Ea are șase bolți în ogivă, sprijinite de doi pilaștri puternici, aflați în axul central al camerei și de console de piatră cioplită aflate pe pereți. Cele două coloane sunt din piatră și au secțiune octogonală; ele sunt decorate la mijloc cu un brâu împletit moldovenesc. La partea inferioară, coloanele sunt așezate pe un soclu pătrat de piatră, iar la partea superioară, sub capitelul pătrat, se află patru console frumos ornate. Pe cele câte opt nervuri de piatră cioplită ale bolților se află decorații în formă de rozete pătrate.[50] Sala este luminată prin opt ferestre care dau spre curtea mănăstirii. Inițial, sala gotică a fost zugrăvită în frescă, urme de pictură (în care se disting personaje biblice și scene biblice) observându-se și astăzi pe pereții sudic și estic. Sala gotică a îndeplinit inițial rolul de trapeză, iar în anii '90 ai secolului al XX-lea s-a amenajat aici un paraclis..

În aripa stângă a clădirii se află trei încăperi boltite cilindric și o săliță la capătul căreia este o scară secretă care duce direct la etajul inferior al pivniței.

La începutul secolului al XX-lea, după cum reiese din unele fotografii, această clădire mai avea ziduri exterioare și interioare, sala gotică, un soclu de zid la gura pivniței având deasupra sa o construcție rudimentară de lemn. Edificiul nu avea acoperiș și nici șarpantă, iar pridvorul cel mic, care dădea în apartamentul de locuit și care fusese construit probabil din lemn, lipsea cu totul.[51]

În perioada 1910-1911, clădirea egumeniei a fost restaurată de arhitectul Gheorghe Lupu. Cu această ocazie, s-a refăcut acoperișul și s-a completat partea superioară a zidăriei de sub streașină (care a fost decorată cu un șir de ocnițe din cărămidă aparentă), s-au construit două foișoare cu scări de acces la cele două intrări principale și s-au efectuat unele reparații interioare. 

Pe peretele nordic al acestei clădiri a fost amplasată în 1930 o placă de marmură cu următoarea inscripție: „Mânăstirea Cetățuia, zidită de Duca Vodă în 1669, fostă reședință de vară a voevozilor și mitropoliților Moldovei, adăpost de lucru al mitropolitului Dosoftei și învățatului Dimitrie Cantemir, având și o tipografie ajunsese în timpul din urmă în stare de părăsire, în deosebi, Palatul domnesc, Sala gotică și gospodăria erau în complectă ruină. 

Așa fiind, prin stăruința I.P.S. sale dr. Pimen Georgescu mitropolitul Moldovei, clădirile vechi au fost refăcute de Comisiunea Monumentelor Istorice, inaugurându-se cu deosebită solemnitate în octombrie 1911 de marele rege Carol I, venit la Iași cu familia regală, pentru serbarea jubileului Universității, cu care prilej s'a pus temelia noilor chilii mânăstirești. 

La această strălucită serbare, la care au fost față și delegații universităților străine, sosiți la Iași pentru jubileul Universității, a contribuit foarte mult aviatorul Aurel Vlaicu, care a zburat pe aparatul inventat de el, plecând dela Școala Normală "Vasile Lupu" preste Iași și făcând mai multe virajuri în jurul dealului cu Mânăstirea Cetățuia în admirația învățaților străini și a mulțimei poporului.
Acesta a fost primul zbor de aviație la Iași.

Biserica precum și încăperile mânăstirei, care au servit ca spital pentru răniții din Marele Război în care armata noastră sub conducerea regelui Ferdinand I. cel Viteaz, a luptat cu mari jertfe pentru desrobirea fraților și întregirea neamului, au fost din nou reparate în timpul domniei tânărului rege Mihai I, de aceiași Comisie a Monumentelor Istorice, președinte fiind marele învățat și dascăl al neamului, Nicolae Iorga. 1930”