Necropola domnească

În pronaos se află două nișe, unde au fost înmormântate câte două persoane. În partea sudică a pronaosului se află nișa unde au fost înmormântați domnitorul Gheorghe Duca și fiica sa, Maria. Doamna Maria, fiica ctitorului, a fost îngropată acolo în anul 1672, pe lespedea sa funerară, mică și frumos sculptată, aflându-se următoarea inscripție în limba greacă: „Aici se odihnește Doamna Maria, fiica lui Io Duca Voievod, anul lui Hristos 1672 septembrie 13”.

În aceeași nișă, mai la vest, se află mormântul ctitorului, Gheorghe Duca (Duca Vodă cel Bătrân). Acesta a murit la 24 martie 1685 în orașul Liov (astăzi în Ucraina), unde fusese dus de poloni. În anul 1693, fiul său, Constantin Duca, voievod al Moldovei (1693-1695, 1700-1703), i-a adus osemintele în țară și i le-a îngropat în nișa din peretele sudic al bisericii Mănăstirii Cetățuia. Peste mormânt nu a fost pusă însă o piatră funerară.[38] Mult timp s-a exprimat îndoiala că domnitorul a fost îngropat aici, din moment ce nu s-a pus nici o lespede pe mormânt, totuși cercetările arheologice din 1933 au confirmat existența unor rămășițe pământești aici.

În peretele nordic al pronaosului se află o altă nișă, care fusese pregătit probabil pentru Doamna Anastasia, soția ctitotorului. Mormântul a rămas gol, Doamna Anastasia fiind înmormântată în Biserica Albă, care se afla pe locul unde este astăzi Catedrala Mitropolitană din Iași. Mai la sud, în aceeași nișă, au fost înmormântați fratele domnitorului, Saul și fiul său, Ioniță. Inscripția de pe lespedea funerară nu a putut fi descifrată în totalitate, pe ea fiind scris în limba greacă următorul text: „Aici se odihnește robul lui Dumnezeu ... frate al lui Io Duca Voievod ... a fiului său Ioniță cu Maria”.